Bioinformatyka strukturalna
Sylabus zajęć
Okres
Semestr 2
|
Forma zajęć / liczba godzin / forma zaliczenia
|
Liczba punktów ECTS
3.0
|
Symbol EU dla zajęć/przedmiotu | Po zakończeniu zajęć i potwierdzeniu osiągnięcia EU student/ka: | Symbole EK dla kierunku studiów |
Efekt_01 | Rozumie zasady zaawansowanych metod bioinformatyki strukturalnej oraz symulacji dynamiki molekularnej | |
Efekt_02 | Zna ograniczenia i zastosowania zaawansowanych metod bioinformatyki strukturalnej oraz symulacji dynamiki molekularnej | |
Efekt_03 | Potrafi zaprojektować i wykonać zaawansowane przewidywania strukturalne i symulacje dynamiki molekularnej nietrywialnych problemów biologicznych | |
Efekt_04 | Rozumie mechanizm leżący u podstaw skutków szkodliwych i korzystnych mutacji | |
Efekt_05 | Rozumie konsekwencje zespołowej natury białek |
Lp. | Treści programowe dla zajęć/przedmiotu | Symbol EU dla zajęć/przedmiotu |
1. |
Kompleksy białkowo-białkowe - metody przewidywania |
Efekt_01, Efekt_02, Efekt_03 |
2. |
Mutacje białek - strukturalne podstawy skutków mutacji, zrozumienie skutków poprzez adnotację afektowanych regionów, przewidywanie zmutowanych struktur i efektów |
Efekt_04, Efekt_03, Efekt_02, Efekt_01 |
3. |
Przewidywanie struktury białek bez matrycy - wykrywanie fałdowania i metody de novo |
Efekt_01, Efekt_02, Efekt_03 |
4. |
Wprowadzenie do symulacji dynamiki molekularnej - modelowanie oddziaływań i pól sił, warunki brzegowe i rozpuszczalnik, równania ruchu, utrzymywanie temperatury i ciśnienia, właściwości systemu obliczeniowego, analizy symulowanych danych |
Efekt_01, Efekt_02, Efekt_03, Efekt_05 |
Metody i formy prowadzenia zajęć | |
---|---|
Wykład z prezentacją multimedialną wybranych zagadnień | |
Rozwiązywanie zadań (np.: obliczeniowych, artystycznych, praktycznych) | |
Metoda ćwiczeniowa | |
Metoda projektu |
Sposoby oceniania | Symbole EK dla modułu zajęć/przedmiotu | |||||
---|---|---|---|---|---|---|
EK_1 | EK_2 | EK_3 | EK_4 | EK_5 | ||
Egzamin pisemny | x | x | x | x | x | |
Test | x | x | x | x | x | |
Projekt | x | x | x | x | x |
Kryteria oceniania wg skali stosowanej w UAM | |
---|---|
bardzo dobry (bdb; 5,0): | 90-100% z testów, dwóch projektów indywidualnych i jednego projektu zespołowego w przypadku ćwiczeń |
dobry plus (+db; 4,5): | 80-89.99% z testów, dwóch projektów indywidualnych i jednego projektu zespołowego w przypadku ćwiczeń |
dobry (db; 4,0): | 70-79.99% z testów, dwóch projektów indywidualnych i jednego projektu zespołowego w przypadku ćwiczeń |
dostateczny plus (+dst; 3,5): | 60-69.99% z testów, dwóch projektów indywidualnych i jednego projektu zespołowego w przypadku ćwiczeń |
dostateczny (dst; 3,0): | 50-59.99% z testów, dwóch projektów indywidualnych i jednego projektu zespołowego w przypadku ćwiczeń |
niedostateczny (ndst; 2,0): | 0-49.99% z testów, dwóch projektów indywidualnych i jednego projektu zespołowego w przypadku ćwiczeń |
Wydawnictwa książkowe
Artykuły w czasopismach
Forma aktywności | Średnia liczba godzin* na zrealizowanie aktywności | |
---|---|---|
Godziny zajęć (wg planu studiów) z nauczycielem | 30 | |
Praca własna studenta: | ||
Przygotowanie do zajęć | ||
Czytanie wskazanej literatury | 10 | |
Przygotowanie pracy pisemnej, raportu, prezentacji, demonstracji, itp. | ||
Przygotowanie projektu | 30 | |
Przygotowanie pracy semestralnej | ||
Przygotowanie do egzaminu / zaliczenia | 10 | |
SUMA GODZIN | 80 | |
LICZBA PUNKTÓW ECTS DLA MODUŁU ZAJĘĆ/PRZEDMIOTU | 3 |
* godzina (lekcyjna) oznacza 45 minut